L'Università di Évora è organizzata in 4 scuole: arti, scienze e tecnologia, scienze sociali e infermieristica e offre 41 diplomi universitari e 120 diplomi post-laurea. La Ricerca e Sviluppo (R&D) copre diverse aree scientifiche attraverso una rete di 17 Unità di Ricerca, tutte sottoposte a valutazione internazionale, sotto il coordinamento dell'Istituto di Ricerca e Studi Avanzati.
Dispone di un laboratorio specializzato per la Chimica Verde e di una lunga esperienza in tecnologie e processi puliti. Inoltre, l'Università di Évora ha istituito tre cattedre in aree di eccellenza: Biodiversità, Energie rinnovabili e Patrimonio, sponsorizzate da detentori di capitali privati. Negli ultimi anni l'Università ha favorito uno stretto legame con la comunità. Tale interazione è stata possibile attraverso la creazione di reti di lavoro e la diffusione di conoscenze come la partecipazione al Parco Scientifico e Tecnologico nonché attraverso la definizione di protocolli e contratti per la fornitura di servizi in partnership con Aziende, Università, Associazioni ed Istituti. Le principali aree di ricerca e sviluppo sono: Agronomia e Biodiversità; Geofisica, Ambiente e Paesaggistica; Scienza dei materiali e delle superfici; Economia e studi aziendali; Informatica e interoperabilità del software; Scienze sociali e politiche, storia, storia dell'arte, scienze e culture; Matematica applicata; Formazione scolastica; Linguistica e letteratura; Assistenza sanitaria per anziani.